Хотя 4-дюймовый смартфон и может соперничать с iPhone 6s по производительности благодаря новейшим чипам, но по прочности, как показывает видеоролик, и устойчивости к воде он уступает своим 4,7- и 5,5-дюймовым собратьям. Компания SquareTrade, специализирующаяся на оказании услуг по продлению гарантийного обслуживания электроники, провела ряд тестов iPhone SE, iPhone 6s и iPhone 6s Plus с целью выяснения, как смартфоны реагируют на сгибание, падения и погружение в воду. Результаты испытаний доказали, что компактная конструкция iPhone SE не гарантирует более высокую прочность по сравнению с более тонкими 4,7- и 5,5-дюймовыми моделями. SquareTrade зафиксировала, что iPhone SE согнулся при давлении в 160 фунтов (73 кг), в то время как более тонкий iPhone 6s выдержал ещё 10 дополнительных фунтов нагрузки (5 кг). Более того, при 178 фунтах (80,7 кг) нагрузки iPhone SE начал «катастрофически разрушаться», в то время как модели iPhone 6s и iPhone 6s Plus лишь только начали прогибаться под давлением. При погружении в воду на глубину 5 футов (1,5 м) смартфон iPhone SE пришёл в негодность менее чем через минуту. Для сравнения, iPhone 6s выдержал погружение на целых 30 минут, лишь утратив звук, а у iPhone 6s Plus начались сбои через 10 минут, и в итоге он потерял работоспособность. Лишь в одном тесте iPhone SE, iPhone 6s и iPhone 6s Plus постигла одинаковая участь — при падении плашмя с 6 футов (1,8 м) у всех трёх смартфонов разрушились экраны. Однако при падении на угол корпуса смартфон iPhone SE раскололся после десятого раза, а у моделей iPhone 6s и iPhone 6s Plus после десяти падений были отмечены лишь незначительные косметические повреждения.